Témoignage : Mathilda étudiante en Biologie.

Mathilda est en licence écosphère, un parcours de 3e année de biologie qui vient d’ouvrir sur le campus de l’UGA. Elle a déjà une licence de biologie et en attendant de faire un master elle a passé entre autres un diplôme pour être jardinière botaniste. 

C’est lorsqu’elle a dû faire un stage de 3 semaines en janvier qu’elle à découvert le projet Lacoscope. C’est son responsable de formation -qui est chercheur au Liphy- qui l’a dirigée vers Salima et le projet du Lacoscope. 

Mathilda accroche tout suite avec le projet car elle aime beaucoup les micros-algues et l’informatique. C’est donc naturellement qu’elle s’est penchée sur la plateforme Ecotaxa, la base de données du projet, son objectif était de déterminer comment les images du Lacoscope allaient être intégrées sur cette plateforme. 

“On fait beaucoup de modélisation numérique et d’analyse de données en écologie, donc bien souvent l’informatique est l’outil principal. Moi, je n’étais pas sur le terrain pour récolter les données, mais les traiter ça fait partie du job aussi !”

A cette période le planktoscopes qu’ils utilisaient ne faisait pas la segmentation et le formatage des métadonnées. Des étudiants précédents avaient déjà créé un programme de segmentation, mais les métadonnées n’étaient pas dans un format compatible avec Ecotaxa. Mathilda à alors créé un programme pour formater les métadonnées des images prises par le planktoscope pour les rendre compatibles avec la base de données du projet. Elle a également participé à l’intégration d’images de plancton d’eau douce dans Ecotaxa pour entraîner l’algorithme de la plateforme à reconnaître les espèces issues de zone lacustre -qui sont différentes de ceux issue des mers et océans-. 

Mathilda est bien consciente des enjeux de recherche derrière le Lacoscope : “ C’est un projet super important, ils visent à rendre possible l’échantillonnage (des planctons) dans les lacs alpins, parce qu’on y a une connaissance de la microfaune et microflore qui est très limitée.« 

Mais elle voit aussi au-delà : « Bien souvent, les planctons sont des indicateurs de l’état de santé de l’écosystème, donc ça permet aussi d’avoir un suivi des impacts du réchauffement climatique sur ces milieux par exemple, ou encore permettre la découverte de nouvelles espèces.”

Cette étudiante à eu une implication intense lors de ses 3 semaines de stage, mais elle continue volontairement quand elle en a le temps. Elle compte d’ailleurs reparticiper au Lacoscope à travers d’autres missions.